Los riesgos de la electroestimulación son mínimos, ya que las descargas eléctricas que se proporcionan están muy controladas. En el caso de estimulación muscular deberemos alternar periodos de contracción y de relajación que deberán ser controlados para evitar la sobreestimulación muscular. Si los aparatos no están bien cuidados y mantenidos, en algunas ocasiones, se pueden producir quemaduras, esto se evitará si tenemos un profesional cualificado, que será quien proceda a calibrar el aparato y ponerlo en el lugar adecuado. Si la corriente eléctrica tiene demasiada potencia se podrá producir dolor en la contracción muscular, en este caso será necesario que el paciente avise al terapeuta para que ajuste el aparato. En general se empieza por una potencia menor y esta se irá elevando poco a poco según se produzca la acomodación al proceso. En casos de embarazo no se deberá poner sobre la zona abdominal. Los marcapasos contraindican el uso de electroestimulación a este nivel, ya que pueden dar lugar a una arritmia cardiaca. Las prótesis pueden calentarse por el uso de electroestimulación, por eso es necesario tener cuidado en dichas zonas.